Le Direzioni generali della Commissione europea gestiscono dei programmi pluriennali mirati a specifici settori e finalizzati al conseguimento degli obiettivi stabiliti dall'Unione europea.
Questi programmi sono adottati con delle decisioni del Consiglio o del Consiglio e del Parlamento europeo dove vengono definiti gli obiettivi, le tipologie di attività e misure suscettibili di ricevere un finanziamento, i potenziali proponenti, le percentuali di cofinanziamento.
I programmi vengono poi attuati generalmente attraverso bandi di gara (chiamati "inviti a presentare proposte") pubblicati nella Gazzetta ufficiale delle Comunità europee, serie C.

Per esempio alcuni di questi programmi sono: il VII° Programma Quadro di Ricerca e Sviluppo Tecnologico, il programma Cultura 2007, il programma LIFE +, Promozione della democrazia e dei diritti umani nel mondo….ecc.

Alcuni dei programmi più complessi, come ad esempio Socrate e Gioventù, vengono attuati con l'ausilio di Agenzie nazionali che la Commissione chiede agli Stati membri di costituire; queste agenzie hanno il compito di informare i cittadini, raccogliere le proposte di progetto elaborate dagli operatori dello Stato membro, trasmettere le proposte alla Commissione e, in certi casi, selezionare i progetti.

Oltre ai programmi pluriennali, la Commissione europea pubblica dei bandi relativi a singole iniziative, finanziate da linee di bilancio che vengono utilizzate dalla Direzione Generale competente per sostenere attività pilota in settori considerati prioritari.