Sono due le procedure per la gestione dei finanziamenti europei:

1. Gestione diretta della Commissione europea
2. Gestione indiretta

Nel primo caso, la Commissione europea gestisce i finanziamenti, eroga i fondi, stabilisce autonomamente le azioni da compiere ed individua i principi di funzionamento dei vari programmi.
Nella gestione indiretta, invece, gli Stati membri, attraverso le amministrazioni centrali e locali, si assumono l'onere della gestione dei finanziamenti. Le risorse dei programmi/fondi strutturali sono assegnate agli Stati membri, in particolare alle Regioni, per eliminare il divario di sviluppo tra le Regioni europee e stimolare una maggiore coesione economica e sociale. Le Regioni, sulla base di una programmazione che deve essere approvata dalla Commissione, ne dispongono l'utilizzazione attraverso disposizioni nazionali.